Возможно это новые документы, которых раньше не было ни в SCADе ни в Лире. Можно попробовать удалить их из файла. Номер записи это может быть номер строки в текстовом файле.
При обратном экспорте из Лиры в Скад тоже выдаются такие же ошибки. Скад позволяет их просто игнорировать (в смысле документы или строчки). Некоторые жесткости, сочетания приходится переделывать вручную.