[Kvush]

При расчете получается так что ядро сечения уходит за границы самого сечения. Может ли такое быть?

[msv_mnv]

Конечно может. Элементарный пример из курса сопротивления материалов. Ядро сечения прокатного швеллера лежит внутри между его полками, касаясь стенки швеллера. Вообще-то видеть бы о каком сечении идет речь.
К сожалению не пользуюсь SCAD, но знаю что в нем есть конструктор сечений, где вы рисуете свое сечение и программа выдает вам все его геометрические характеристики и вид ядра сечения. Так что все может быть. Удачи и успехов!!!